首先，药物过敏。药流时要使用两种药，一是米非司酮，一是米索前列醇，这两种药都有令服用者过敏的情况发生。尤其是米索前列醇，过敏的人群更多，有些患者还在服用后出现了体温升高、全身发抖的情况。因此，药流一定要在医院里、医生的监护下、有抢救措施的条件下进行。

其次，出血过多。通常来说，人流手术十几分钟就结束了，而药流持续的时间比较长，所以药流出血会比人流多。严重者会因此出现贫血，甚至有因大出血而休克的患者被送来急诊。更多的女性则会在下次来月经时出血较多。当出血明显多于月经量时，患者要及时到医院就诊，可以对症使用催产素等促进子宫收缩的药物。

最后，药流失败。药流还存在一定比例的不全流产和流产失败的可能，此时需要补服药物，或者改用人工流产，患者对此要有心理准备。临床统计显示，药流患者完全流产的比例为9%，不全流产占%左右，流产失败占%。

影响流产结局的因素比较多，其中，如果胚囊直径大于毫米、已经长出胎芽、停经天数大于0天者，药物流产失败的可能性较大，最好不要选择。

而怀孕次数、流产次数、有无分娩史等因素，对药流的效果则没有影响，可以不予考虑。剖宫产术后合并有子宫肌瘤的早孕女性，人工流产的危险性较大，此时则适宜采用药流。